Un vocabolario di italiano pone l'accento sulla a, quindi si legge àmen. Gli americani che conosco pronunciano amèn ma i due vocabolari di inglese che ho consultato non mettono accenti.
In greco è scritto αμην dove η (eta) è una "e" lunga per cui presumo, ma non ne sono certo, si debba leggere "ameen" e quindi porre l'accento sulla "e" e non sulla "a".
Ma noi siamo italiani, quindi ... "àmen".